Возникновение ошибки "Документ ... содержит невалидные подписи", вероятнее всего связано с тем, что на компьютере не установлен корневой сертификат Удостоверяющего Центра. Причин может быть две: 

1) Не установлен корневой сертификат Головного удостоверяющего центра (ГУЦ) Минкомсвязи, уполномоченного федерального органа по аккредитации удостоверяющих центров.  

2) Не установлен корневой сертификат Удостоверяющего Центра, выпустившего сертификат ключа электронной подписи Вашего контрагента или Оператора ЭДО. 

Рекомендуется сначала воспользоваться инструкцией для установки корневого сертификата ГУЦ. После установки проверьте электронную подпись так, как написано здесь. Если это не помогло решить проблему, следуйте рекомендациям из данного раздела.  



Открываем сам электронный документ, по которому выдается ошибка, на вкладке "Подписи" , содержится 1 или 2 подписи, статус одной из них, или обеих, выделен красным курсивом и статусом "Не верна".



Необходимо двойным кликом открыть данный сертификат(ы) и сохранить на рабочий стол или в любую другую папку на диске:





Затем нужно открыть сохраненный файл и перейти на закладку "Путь сертификации":



Мы видим, что корневой сертификат (сертификат Удостоверяющего Центра) действительно не установлен. Для его установки достаточно открыть корневой сертификат двойным кликом и установить (см. ниже).

В случае если не отображается цепочка сертификатов (на закладке "Путь сертификации" есть только сертификат пользователя), перейдите на вкладку "Состав" , найдите раздел, "Доступ к информации о центре сертификации":



Далее нужно выделить и скопировать в буфер обмена одну из ссылок, заканчивающуюся на .cer или .crt,.вставить ссылку в адресную строку браузера и скачать корневой сертификат,



Открыв корневой сертификат (из пути сертификации в сертификате пользователя или скачанный файл) нажмите кнопку "Установить сертификат...":



В качестве хранилища корневого сертификата необходимо выбрать "Доверенные корневые центры сертификации":





Далее нужно подтвердить установку корневого сертификата:



Переключившись в окно 1С, правой кнопкой мыши нажимаем на подпись со статусом "Не верна" и в контекстном меню выбираем команду "Проверить электронные подписи":



Статус меняется на "Верна"